La Junta Directiva de la ANAFALCO es el órgano encargado de orientar y supervisar la gestión estratégica de la Asociación, velando por el cumplimiento de sus estatutos, principios y decisiones adoptadas por la Asamblea General. Tiene la responsabilidad de definir lineamientos y aprobar el plan de acción, el presupuesto anual y los informes de gestión, garantizando el adecuado manejo de los recursos y la transparencia institucional.

Asimismo, representa los intereses de los asociados ante entidades públicas y privadas, promueve alianzas y proyectos que fortalezcan el sector ladrillero, y realiza seguimiento permanente a los objetivos y metas institucionales. De igual manera, apoya y supervisa la labor de la Dirección Ejecutiva, toma decisiones estratégicas frente a situaciones que impacten al gremio y fomenta la participación, unidad y crecimiento sostenible de la Asociación.